โรงเรียนราชประชานุเคราะห์ 53 จังหวัดสกลนคร เปิดสอนในระดับมัธยมศึกษา ตั้งแต่มัธยมศึกษาปีที่ 1 ถึงมัธยมศึกษาปีที่ 6 จัดการเรียนการสอนแบบสหศึกษา และมีหอพักนักเรียนรองรับนักเรียนที่มีภูมิลำเนาห่างไกล ตามภารกิจของโรงเรียนราชประชานุเคราะห์ในการสร้างโอกาสทางการศึกษาแก่เยาวชนที่ด้อยโอกาส

มัธยมศึกษาตอนต้น (ม.1–ม.3)

จัดการเรียนการสอนตามหลักสูตรแกนกลางการศึกษาขั้นพื้นฐาน พุทธศักราช 2551 (ฉบับปรับปรุง) ครอบคลุมทั้ง 8 กลุ่มสาระการเรียนรู้ มุ่งเน้นการวางรากฐานความรู้พื้นฐานที่แข็งแรง ควบคู่กับการปลูกฝังคุณธรรม จริยธรรม และทักษะชีวิตที่จำเป็นต่อการดำเนินชีวิตในสังคม

• ชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 1 — ปูพื้นฐานความรู้และทักษะการเรียนรู้ระดับมัธยมศึกษา
• ชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 2 — พัฒนาทักษะการคิดวิเคราะห์และการทำงานเป็นกลุ่ม
• ชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 3 — เตรียมความพร้อมสำหรับการศึกษาต่อระดับมัธยมศึกษาตอนปลายหรือสายอาชีพ

มัธยมศึกษาตอนปลาย (ม.4–ม.6)

จัดแผนการเรียนตามความถนัดและความสนใจของผู้เรียน เพื่อเตรียมความพร้อมสู่การศึกษาต่อในระดับอุดมศึกษาหรือการประกอบอาชีพ โดยแผนการเรียนที่เปิดสอนอาจแตกต่างกันในแต่ละปีการศึกษาตามความต้องการของผู้เรียนและบุคลากรที่มี อาทิ

• แผนการเรียนวิทยาศาสตร์-คณิตศาสตร์
• แผนการเรียนศิลป์-ภาษา
• แผนการเรียนศิลป์-สังคม
• แผนการเรียนอื่นตามความต้องการของผู้เรียนในแต่ละปีการศึกษา

นักเรียนและผู้ปกครองที่ต้องการข้อมูลรายละเอียดเกี่ยวกับแผนการเรียนที่เปิดสอนในปีการศึกษาปัจจุบัน สามารถสอบถามได้ที่ฝ่ายบริหารวิชาการหรืองานแนะแนวของโรงเรียน